Kegiatan bimbingan konseling merupakan salah satu layanan yang disediakan oleh Kampus Institut Shanti Bhuana. Bimbingan konseling ini diperuntukkan bagi mahasiswa yang membutuhkan bimbingan yang didampingi oleh suster dan atau frater yang sudah diberi wewenang oleh Ketua Yayasan Santo Yohanes Salib.

Layanan ini bertujuan untuk memberikan bantuan bagi mahasiswa yang membutuhkan bimbingan khusus dalam menyelesaikan masalah melalui pendekatan spiritual.