Institut Shanti Bhuana (ISB) berada di bawah naungan Yayasan Santo Yohanes Salib, dengan struktur organisasi sebagai berikut :
| Badan Pembina | |
| Ketua | Dr. Yohanes Indrakusuma |
| Anggota | Leo Oktavianus Hariyono, S.S., M.Hum. |
| Justini Kesuma | |
| Dra. Marietta S. Purwantini |
| Badan Pengawas | |
| Ketua | Heliberta Hoar Nahak, S.S. |
| Anggota | Elias David Daud, S.S., M.Hum. |
| Badan Pengurus | |
| Ketua | Drs. Stephanus Hery Sucahyo |
| Wakil | Agnes Istikajanti |
| Sekretaris | Antonius Masri Hartono, S.E., S.S., S.Th. |
| Bendahara | Farah Suwondo, S.E.Ak., M.MSI. |
